- WELL-E

Balde, Abdourahmane

Méthode d'extraction de signatures de biomarqueurs métaboliques dans le cadre de prédiction des maladies chez les bovins laitiers [External] Masters Thesis

UQAM, Montreal, Canada, 2025.

Abstract | Links | BibTeX | Tags: These

@mastersthesis{balde_methode_2025,

title = {Méthode d'extraction de signatures de biomarqueurs métaboliques dans le cadre de prédiction des maladies chez les bovins laitiers},

author = {Abdourahmane Balde},

url = {http://archipel.uqam.ca/id/eprint/18426},

year  = {2025},

date = {2025-01-01},

address = {Montreal, Canada},

school = {UQAM},

abstract = {Les maladies métaboliques chez les bovins laitiers sont une préoccupation majeure pour les producteurs laitiers, car elles affectent la production, la reproduction, le bien-être et la longévité des animaux. Les approches de classification informatique actuelles des maladies métaboliques manquent de précision et de simplicité pour permettre une classification effective en milieu de ferme. Cela est dû principalement à la variabilité naturelle des profils métaboliques entre les vaches et à la distribution non équilibrée des classes (malade, non malade) dans les jeux de données sur les maladies surveillées par l’industrie laitière. Cette disparité entre les classes rend la prédiction des maladies encore plus complexe. Pour permettre aux vétérinaires de mieux suivre les paramètres métaboliques en lien avec les principales maladies suivies en médecine vétérinaire, nous proposons une approche d’extraction des signatures métaboliques qui permettrait de caractériser les maladies, d’identifier une meilleure prédiction des risques associés et d’informer les classifieurs pour le diagnostique des maladies métaboliques. Notre approche est décomposée en trois étapes comme suit : la catégorisation des indicateurs métaboliques clés, l’extraction des signatures métaboliques présentes dans les maladies, la sélection des signatures discriminantes à l’aide de deux mesures statistiques (le test de Fisher et l’intervalle de confiance), et enfin l’entraînement des modèles de classification afin de prédire une maladie métabolique à partir d’un profil métabolique. Cette approche a été appliquée à un jeu de données contenant cinq indicateurs métaboliques pour 623 vaches. Ces indicateurs sont associés aux sept maladies principales à déclaration obligatoire au Québec. Les résultats préliminaires ont permis d’identifier 208 signatures métaboliques et 96 signatures discriminantes. Ces signatures ont ensuite permis de construire un classifieur pour identifier si une vache est diagnostiquée comme malade seulement à partir de son échantillon de données métaboliques. Ces signatures discriminantes constitueront un potentiel de biomarqueurs utiles pour le diagnostic des maladies. Les résultats de ces classifieurs sont intéressants avec des F-mesure avoisinant 0,91.},

keywords = {These},

pubstate = {published},

tppubtype = {mastersthesis}

}

Les maladies métaboliques chez les bovins laitiers sont une préoccupation majeure pour les producteurs laitiers, car elles affectent la production, la reproduction, le bien-être et la longévité des animaux. Les approches de classification informatique actuelles des maladies métaboliques manquent de précision et de simplicité pour permettre une classification effective en milieu de ferme. Cela est dû principalement à la variabilité naturelle des profils métaboliques entre les vaches et à la distribution non équilibrée des classes (malade, non malade) dans les jeux de données sur les maladies surveillées par l’industrie laitière. Cette disparité entre les classes rend la prédiction des maladies encore plus complexe. Pour permettre aux vétérinaires de mieux suivre les paramètres métaboliques en lien avec les principales maladies suivies en médecine vétérinaire, nous proposons une approche d’extraction des signatures métaboliques qui permettrait de caractériser les maladies, d’identifier une meilleure prédiction des risques associés et d’informer les classifieurs pour le diagnostique des maladies métaboliques. Notre approche est décomposée en trois étapes comme suit : la catégorisation des indicateurs métaboliques clés, l’extraction des signatures métaboliques présentes dans les maladies, la sélection des signatures discriminantes à l’aide de deux mesures statistiques (le test de Fisher et l’intervalle de confiance), et enfin l’entraînement des modèles de classification afin de prédire une maladie métabolique à partir d’un profil métabolique. Cette approche a été appliquée à un jeu de données contenant cinq indicateurs métaboliques pour 623 vaches. Ces indicateurs sont associés aux sept maladies principales à déclaration obligatoire au Québec. Les résultats préliminaires ont permis d’identifier 208 signatures métaboliques et 96 signatures discriminantes. Ces signatures ont ensuite permis de construire un classifieur pour identifier si une vache est diagnostiquée comme malade seulement à partir de son échantillon de données métaboliques. Ces signatures discriminantes constitueront un potentiel de biomarqueurs utiles pour le diagnostic des maladies. Les résultats de ces classifieurs sont intéressants avec des F-mesure avoisinant 0,91.

Xu, Xu

You've got a friend in me: Exploration of personality concepts and validation of common personality tests in dairy cattle Masters Thesis

McGill University, Montreal, Canada, 2025.

BibTeX | Tags: These

Muszik, Jasmine

Implementing On-Farm Enrichment: Effects on the Motivation of Lambs and Dairy Cows [External] PhD Thesis

McGill University, 2025.

Abstract | Links | BibTeX | Tags: These

@phdthesis{muszik_implementing_2025,

title = {Implementing On-Farm Enrichment: Effects on the Motivation of Lambs and Dairy Cows},

author = {Jasmine Muszik},

url = {https://escholarship.mcgill.ca/concern/theses/6t053p36k},

year  = {2025},

date = {2025-01-01},

address = {Montreal, Canada},

school = {McGill University},

abstract = {Les pratiques agricoles ont évolué pour offrir aux animaux plus de contrôle sur leur temps, en mettant l'accent sur leur bien-être. L'enrichissement ciblé, conçu pour répondre à des besoins spécifiques, favorise des émotions positives en permettant aux animaux d'agir selon leurs motivations, satisfaisant ainsi leurs besoins. Un enrichissement efficace doit être activement utilisé par l'animal et doit répondre à une motivation d'interaction ou d'accès, ce qui suggère qu'il est perçu positivement. L'enrichissement multimodal, combinant plusieurs types d'enrichissement (ex. physique, cognitif, sensoriel, social, nutritionnel), pourrait répondre à cette problématique en encourageant une gamme de comportements motivés. Les normes futures concernant les soins des animaux d'élevage pourraient également recommander aux producteurs l'inclusion de ces enrichissements fortement motivés dans leurs pratiques quotidiennes afin d'éviter la provocation d’émotions négatives, comme la frustration, liées à l'anticipation d'un événement ou d'une récompense retardée ou inexistante, comme révélé dans une revue de littérature. Cependant, la mise en œuvre de l'enrichissement multimodal et ses interactions avec la motivation animale nécessite un examen plus approfondi, tant au niveau théorique qu’au niveau pratique. Une étude menée sur des agneaux, exposés ou non à un enrichissement multimodal, a démontré que bien que les deux groupes aient appris à naviguer un labyrinthe et aient démontré la même flexibilité pour obtenir la récompense, les agneaux enrichis étaient plus calmes, tandis que ceux du groupe témoin étaient plus agités, ce qui suggère que l'enrichissement peut avoir un impact sur la réactivité. Cette étude n’a pas directement étudié la motivation des animaux vers l'enrichissement, mais vers une récompense dans un autre contexte, et elle s’est concentrée sur les jeunes. Alors, la prochaine étude a cherché à comprendre comment la fréquence d'accès à l'enrichissement influence la motivation des vaches laitières adultes. Des vaches ayant un accès limité à l’exercice ont été réparties en deux groupes : un avec un accès extérieur trois jours par semaine et l'autre un jour par semaine. Leur comportement et celui des membres du personnel ont été observés pendant ces périodes. Les résultats ont démontré que les vaches des deux groupes étaient plus motivées pour sortir que pour retourner à l'étable, bien que les interventions du personnel et les conditions climatiques aient pu influencer cette motivation. Bien que cette étude ait été bénéfique pour comprendre si les vaches laitières accordent de l’importance à l’accès extérieur, peu importe la fréquence d’accès fournie, l'étape suivante consistait à tester la provision d’accès extérieur dans un cadre réaliste pour déterminer comment la taille des groupes et les interventions du personnel influencent la capacité des producteurs à faire la transition vers la provision d’exercice extérieur quotidien pour leur troupeau. 76 vaches en lactation ont été réparties en sept groupes, avec un nouveau groupe étant ajouté à chaque semaine, jusqu'à ce que tous les groupes aient accès à un des deux enclos d'exercice. Il a été constaté qu'augmenter le nombre de vaches n’entraînait pas de besoin supplémentaire en personnel ni de plus de temps par sortie. De plus, le nombre d'interventions du personnel est resté stable (interventions go) ou a diminué (interventions stop) après une semaine. De plus, le comportement des vaches n’a pas différé de manière significative entre les enclos, même après l'introduction d'un nouveau groupe. Cela suggère que les vaches et le personnel s'adaptent rapidement à l'accès extérieur, et que les producteurs peuvent commencer à introduire progressivement des sorties extérieures quotidiennes pour leur troupeau. Toutes les études décrites ont été essentielles pour comprendre comment l'enrichissement multimodal influence la motivation des animaux, tant en matière d'enrichissement que dans d'autres contextes, et comment ces pratiques peuvent être utilisées de manière pratique par les producteurs dans les systèmes de production modernes},

keywords = {These},

pubstate = {published},

tppubtype = {phdthesis}

}

Farming practices have evolved with a focus on promoting positive welfare through allowing livestock more control of their free time. Targeted enrichment, designed to meet specific motivations, can foster positive emotion by allowing animals to act on their motivations, leading to satisfaction of needs. Effective enrichment should be actively used by the animal and fulfill a motivation to interact or have access to it (suggesting the enrichment is positively valued by the animals). Multi-modal enrichment which combines multiple types of enrichment (i.e. physical, cognitive, sensory, social, nutritional) could address this concern through encouraging an array of motivated behaviours. Future standards for farm animal care may also recommend including these strongly motivated enrichments into daily farm practice to avoid causing negative emotions, such as frustration, linked to the anticipation of a delayed or non-existent event or reward, as revealed by a literature review. However, the implementation of multi-modal enrichment and its interactions with animal motivation needed further examination, both on a theoretical level and for practicality of use on-farm. A study on lambs provided with or without multi-modal enrichment found that although both groups learned how to navigate a test maze and were just as flexible in finding the reward, the enriched lambs were calmer while the control lambs appeared more agitated, suggesting an impact of enrichment on reactivity. This study did not directly investigate animals’ motivation towards the enrichment, but towards a reward in another context, and was focused on young sheep, so the next study aimed to understand how frequency of access to enrichment directly impacted motivation of adult dairy cattle. Movement-restricted dairy cows were given three days (3x) or one day (1x) of outdoor access and their behaviour, along with handlers’, was recorded during the outdoor period. Both 3x and 1x had stronger motivation to go outside than to return to the barn, although handling interventions and weather may have impacted motivation. Though this study was useful in understanding if dairy cows place value on going outside, regardless of how often they are given the opportunity, the next step was to implement going outside in a realistic setting to determine how group size and handler interventions affect a producers’ ability to transition their herd to daily outdoor exercise. Seventy-six lactating cows were split into seven groups, with a new group being added each week until all groups were going outside into one of two exercise paddocks. It was found that increasing the number of cows did not require additional staff or time per outing, and that the number of interventions by handlers remained the same (go interventions) or decreased (stop interventions) after one week. It was also found that behaviour did not differ between paddocks, even during or after the introduction of a new group. This suggests that both cows and handlers are quick to adapt to outdoor access and that producers can begin to transition their herd in increments. All of these specified works were integral in identifying how multi-modal enrichment impacts animal motivation, both towards the enrichment and in other contexts, and how multi-modal enrichment can be used practically by producers in modern production practices