Balde, Abdourahmane
Méthode d'extraction de signatures de biomarqueurs métaboliques dans le cadre de prédiction des maladies chez les bovins laitiers [External] Mémoire de maîtrise
UQAM, Montreal, Canada, 2025.
Résumé | Liens | BibTeX | Étiquettes: These
@mastersthesis{balde_methode_2025,
title = {Méthode d'extraction de signatures de biomarqueurs métaboliques dans le cadre de prédiction des maladies chez les bovins laitiers},
author = {Abdourahmane Balde},
url = {http://archipel.uqam.ca/id/eprint/18426},
year = {2025},
date = {2025-01-01},
address = {Montreal, Canada},
school = {UQAM},
abstract = {Les maladies métaboliques chez les bovins laitiers sont une préoccupation majeure pour les producteurs laitiers, car elles affectent la production, la reproduction, le bien-être et la longévité des animaux. Les approches de classification informatique actuelles des maladies métaboliques manquent de précision et de simplicité pour permettre une classification effective en milieu de ferme. Cela est dû principalement à la variabilité naturelle des profils métaboliques entre les vaches et à la distribution non équilibrée des classes (malade, non malade) dans les jeux de données sur les maladies surveillées par l’industrie laitière. Cette disparité entre les classes rend la prédiction des maladies encore plus complexe. Pour permettre aux vétérinaires de mieux suivre les paramètres métaboliques en lien avec les principales maladies suivies en médecine vétérinaire, nous proposons une approche d’extraction des signatures métaboliques qui permettrait de caractériser les maladies, d’identifier une meilleure prédiction des risques associés et d’informer les classifieurs pour le diagnostique des maladies métaboliques. Notre approche est décomposée en trois étapes comme suit : la catégorisation des indicateurs métaboliques clés, l’extraction des signatures métaboliques présentes dans les maladies, la sélection des signatures discriminantes à l’aide de deux mesures statistiques (le test de Fisher et l’intervalle de confiance), et enfin l’entraînement des modèles de classification afin de prédire une maladie métabolique à partir d’un profil métabolique. Cette approche a été appliquée à un jeu de données contenant cinq indicateurs métaboliques pour 623 vaches. Ces indicateurs sont associés aux sept maladies principales à déclaration obligatoire au Québec. Les résultats préliminaires ont permis d’identifier 208 signatures métaboliques et 96 signatures discriminantes. Ces signatures ont ensuite permis de construire un classifieur pour identifier si une vache est diagnostiquée comme malade seulement à partir de son échantillon de données métaboliques. Ces signatures discriminantes constitueront un potentiel de biomarqueurs utiles pour le diagnostic des maladies. Les résultats de ces classifieurs sont intéressants avec des F-mesure avoisinant 0,91.},
keywords = {These},
pubstate = {published},
tppubtype = {mastersthesis}
}
Les maladies métaboliques chez les bovins laitiers sont une préoccupation majeure pour les producteurs laitiers, car elles affectent la production, la reproduction, le bien-être et la longévité des animaux. Les approches de classification informatique actuelles des maladies métaboliques manquent de précision et de simplicité pour permettre une classification effective en milieu de ferme. Cela est dû principalement à la variabilité naturelle des profils métaboliques entre les vaches et à la distribution non équilibrée des classes (malade, non malade) dans les jeux de données sur les maladies surveillées par l’industrie laitière. Cette disparité entre les classes rend la prédiction des maladies encore plus complexe. Pour permettre aux vétérinaires de mieux suivre les paramètres métaboliques en lien avec les principales maladies suivies en médecine vétérinaire, nous proposons une approche d’extraction des signatures métaboliques qui permettrait de caractériser les maladies, d’identifier une meilleure prédiction des risques associés et d’informer les classifieurs pour le diagnostique des maladies métaboliques. Notre approche est décomposée en trois étapes comme suit : la catégorisation des indicateurs métaboliques clés, l’extraction des signatures métaboliques présentes dans les maladies, la sélection des signatures discriminantes à l’aide de deux mesures statistiques (le test de Fisher et l’intervalle de confiance), et enfin l’entraînement des modèles de classification afin de prédire une maladie métabolique à partir d’un profil métabolique. Cette approche a été appliquée à un jeu de données contenant cinq indicateurs métaboliques pour 623 vaches. Ces indicateurs sont associés aux sept maladies principales à déclaration obligatoire au Québec. Les résultats préliminaires ont permis d’identifier 208 signatures métaboliques et 96 signatures discriminantes. Ces signatures ont ensuite permis de construire un classifieur pour identifier si une vache est diagnostiquée comme malade seulement à partir de son échantillon de données métaboliques. Ces signatures discriminantes constitueront un potentiel de biomarqueurs utiles pour le diagnostic des maladies. Les résultats de ces classifieurs sont intéressants avec des F-mesure avoisinant 0,91.
Xu, Xu
You've got a friend in me: Exploration of personality concepts and validation of common personality tests in dairy cattle Mémoire de maîtrise
McGill University, Montreal, Canada, 2025.
@mastersthesis{xu_youve_2025,
title = {You've got a friend in me: Exploration of personality concepts and validation of common personality tests in dairy cattle},
author = {Xu Xu},
year = {2025},
date = {2025-01-01},
address = {Montreal, Canada},
school = {McGill University},
keywords = {These},
pubstate = {published},
tppubtype = {mastersthesis}
}
Muszik, Jasmine
Implementing On-Farm Enrichment: Effects on the Motivation of Lambs and Dairy Cows [External] Thèse de PhD
McGill University, 2025.
Résumé | Liens | BibTeX | Étiquettes: These
@phdthesis{muszik_implementing_2025,
title = {Implementing On-Farm Enrichment: Effects on the Motivation of Lambs and Dairy Cows},
author = {Jasmine Muszik},
url = {https://escholarship.mcgill.ca/concern/theses/6t053p36k},
year = {2025},
date = {2025-01-01},
address = {Montreal, Canada},
school = {McGill University},
abstract = {Les pratiques agricoles ont évolué pour offrir aux animaux plus de contrôle sur leur temps, en mettant l'accent sur leur bien-être. L'enrichissement ciblé, conçu pour répondre à des besoins spécifiques, favorise des émotions positives en permettant aux animaux d'agir selon leurs motivations, satisfaisant ainsi leurs besoins. Un enrichissement efficace doit être activement utilisé par l'animal et doit répondre à une motivation d'interaction ou d'accès, ce qui suggère qu'il est perçu positivement. L'enrichissement multimodal, combinant plusieurs types d'enrichissement (ex. physique, cognitif, sensoriel, social, nutritionnel), pourrait répondre à cette problématique en encourageant une gamme de comportements motivés. Les normes futures concernant les soins des animaux d'élevage pourraient également recommander aux producteurs l'inclusion de ces enrichissements fortement motivés dans leurs pratiques quotidiennes afin d'éviter la provocation d’émotions négatives, comme la frustration, liées à l'anticipation d'un événement ou d'une récompense retardée ou inexistante, comme révélé dans une revue de littérature. Cependant, la mise en œuvre de l'enrichissement multimodal et ses interactions avec la motivation animale nécessite un examen plus approfondi, tant au niveau théorique qu’au niveau pratique. Une étude menée sur des agneaux, exposés ou non à un enrichissement multimodal, a démontré que bien que les deux groupes aient appris à naviguer un labyrinthe et aient démontré la même flexibilité pour obtenir la récompense, les agneaux enrichis étaient plus calmes, tandis que ceux du groupe témoin étaient plus agités, ce qui suggère que l'enrichissement peut avoir un impact sur la réactivité. Cette étude n’a pas directement étudié la motivation des animaux vers l'enrichissement, mais vers une récompense dans un autre contexte, et elle s’est concentrée sur les jeunes. Alors, la prochaine étude a cherché à comprendre comment la fréquence d'accès à l'enrichissement influence la motivation des vaches laitières adultes. Des vaches ayant un accès limité à l’exercice ont été réparties en deux groupes : un avec un accès extérieur trois jours par semaine et l'autre un jour par semaine. Leur comportement et celui des membres du personnel ont été observés pendant ces périodes. Les résultats ont démontré que les vaches des deux groupes étaient plus motivées pour sortir que pour retourner à l'étable, bien que les interventions du personnel et les conditions climatiques aient pu influencer cette motivation. Bien que cette étude ait été bénéfique pour comprendre si les vaches laitières accordent de l’importance à l’accès extérieur, peu importe la fréquence d’accès fournie, l'étape suivante consistait à tester la provision d’accès extérieur dans un cadre réaliste pour déterminer comment la taille des groupes et les interventions du personnel influencent la capacité des producteurs à faire la transition vers la provision d’exercice extérieur quotidien pour leur troupeau. 76 vaches en lactation ont été réparties en sept groupes, avec un nouveau groupe étant ajouté à chaque semaine, jusqu'à ce que tous les groupes aient accès à un des deux enclos d'exercice. Il a été constaté qu'augmenter le nombre de vaches n’entraînait pas de besoin supplémentaire en personnel ni de plus de temps par sortie. De plus, le nombre d'interventions du personnel est resté stable (interventions go) ou a diminué (interventions stop) après une semaine. De plus, le comportement des vaches n’a pas différé de manière significative entre les enclos, même après l'introduction d'un nouveau groupe. Cela suggère que les vaches et le personnel s'adaptent rapidement à l'accès extérieur, et que les producteurs peuvent commencer à introduire progressivement des sorties extérieures quotidiennes pour leur troupeau. Toutes les études décrites ont été essentielles pour comprendre comment l'enrichissement multimodal influence la motivation des animaux, tant en matière d'enrichissement que dans d'autres contextes, et comment ces pratiques peuvent être utilisées de manière pratique par les producteurs dans les systèmes de production modernes},
keywords = {These},
pubstate = {published},
tppubtype = {phdthesis}
}
Les pratiques agricoles ont évolué pour offrir aux animaux plus de contrôle sur leur temps, en mettant l'accent sur leur bien-être. L'enrichissement ciblé, conçu pour répondre à des besoins spécifiques, favorise des émotions positives en permettant aux animaux d'agir selon leurs motivations, satisfaisant ainsi leurs besoins. Un enrichissement efficace doit être activement utilisé par l'animal et doit répondre à une motivation d'interaction ou d'accès, ce qui suggère qu'il est perçu positivement. L'enrichissement multimodal, combinant plusieurs types d'enrichissement (ex. physique, cognitif, sensoriel, social, nutritionnel), pourrait répondre à cette problématique en encourageant une gamme de comportements motivés. Les normes futures concernant les soins des animaux d'élevage pourraient également recommander aux producteurs l'inclusion de ces enrichissements fortement motivés dans leurs pratiques quotidiennes afin d'éviter la provocation d’émotions négatives, comme la frustration, liées à l'anticipation d'un événement ou d'une récompense retardée ou inexistante, comme révélé dans une revue de littérature. Cependant, la mise en œuvre de l'enrichissement multimodal et ses interactions avec la motivation animale nécessite un examen plus approfondi, tant au niveau théorique qu’au niveau pratique. Une étude menée sur des agneaux, exposés ou non à un enrichissement multimodal, a démontré que bien que les deux groupes aient appris à naviguer un labyrinthe et aient démontré la même flexibilité pour obtenir la récompense, les agneaux enrichis étaient plus calmes, tandis que ceux du groupe témoin étaient plus agités, ce qui suggère que l'enrichissement peut avoir un impact sur la réactivité. Cette étude n’a pas directement étudié la motivation des animaux vers l'enrichissement, mais vers une récompense dans un autre contexte, et elle s’est concentrée sur les jeunes. Alors, la prochaine étude a cherché à comprendre comment la fréquence d'accès à l'enrichissement influence la motivation des vaches laitières adultes. Des vaches ayant un accès limité à l’exercice ont été réparties en deux groupes : un avec un accès extérieur trois jours par semaine et l'autre un jour par semaine. Leur comportement et celui des membres du personnel ont été observés pendant ces périodes. Les résultats ont démontré que les vaches des deux groupes étaient plus motivées pour sortir que pour retourner à l'étable, bien que les interventions du personnel et les conditions climatiques aient pu influencer cette motivation. Bien que cette étude ait été bénéfique pour comprendre si les vaches laitières accordent de l’importance à l’accès extérieur, peu importe la fréquence d’accès fournie, l'étape suivante consistait à tester la provision d’accès extérieur dans un cadre réaliste pour déterminer comment la taille des groupes et les interventions du personnel influencent la capacité des producteurs à faire la transition vers la provision d’exercice extérieur quotidien pour leur troupeau. 76 vaches en lactation ont été réparties en sept groupes, avec un nouveau groupe étant ajouté à chaque semaine, jusqu'à ce que tous les groupes aient accès à un des deux enclos d'exercice. Il a été constaté qu'augmenter le nombre de vaches n’entraînait pas de besoin supplémentaire en personnel ni de plus de temps par sortie. De plus, le nombre d'interventions du personnel est resté stable (interventions go) ou a diminué (interventions stop) après une semaine. De plus, le comportement des vaches n’a pas différé de manière significative entre les enclos, même après l'introduction d'un nouveau groupe. Cela suggère que les vaches et le personnel s'adaptent rapidement à l'accès extérieur, et que les producteurs peuvent commencer à introduire progressivement des sorties extérieures quotidiennes pour leur troupeau. Toutes les études décrites ont été essentielles pour comprendre comment l'enrichissement multimodal influence la motivation des animaux, tant en matière d'enrichissement que dans d'autres contextes, et comment ces pratiques peuvent être utilisées de manière pratique par les producteurs dans les systèmes de production modernes