Balde, Abdourahmane
Méthode d'extraction de signatures de biomarqueurs métaboliques dans le cadre de prédiction des maladies chez les bovins laitiers [External] Mémoire de maîtrise
UQAM, Montreal, Canada, 2025.
Résumé | Liens | BibTeX | Étiquettes: These
@mastersthesis{balde_methode_2025,
title = {Méthode d'extraction de signatures de biomarqueurs métaboliques dans le cadre de prédiction des maladies chez les bovins laitiers},
author = {Abdourahmane Balde},
url = {http://archipel.uqam.ca/id/eprint/18426},
year = {2025},
date = {2025-01-01},
address = {Montreal, Canada},
school = {UQAM},
abstract = {Les maladies métaboliques chez les bovins laitiers sont une préoccupation majeure pour les producteurs laitiers, car elles affectent la production, la reproduction, le bien-être et la longévité des animaux. Les approches de classification informatique actuelles des maladies métaboliques manquent de précision et de simplicité pour permettre une classification effective en milieu de ferme. Cela est dû principalement à la variabilité naturelle des profils métaboliques entre les vaches et à la distribution non équilibrée des classes (malade, non malade) dans les jeux de données sur les maladies surveillées par l’industrie laitière. Cette disparité entre les classes rend la prédiction des maladies encore plus complexe. Pour permettre aux vétérinaires de mieux suivre les paramètres métaboliques en lien avec les principales maladies suivies en médecine vétérinaire, nous proposons une approche d’extraction des signatures métaboliques qui permettrait de caractériser les maladies, d’identifier une meilleure prédiction des risques associés et d’informer les classifieurs pour le diagnostique des maladies métaboliques. Notre approche est décomposée en trois étapes comme suit : la catégorisation des indicateurs métaboliques clés, l’extraction des signatures métaboliques présentes dans les maladies, la sélection des signatures discriminantes à l’aide de deux mesures statistiques (le test de Fisher et l’intervalle de confiance), et enfin l’entraînement des modèles de classification afin de prédire une maladie métabolique à partir d’un profil métabolique. Cette approche a été appliquée à un jeu de données contenant cinq indicateurs métaboliques pour 623 vaches. Ces indicateurs sont associés aux sept maladies principales à déclaration obligatoire au Québec. Les résultats préliminaires ont permis d’identifier 208 signatures métaboliques et 96 signatures discriminantes. Ces signatures ont ensuite permis de construire un classifieur pour identifier si une vache est diagnostiquée comme malade seulement à partir de son échantillon de données métaboliques. Ces signatures discriminantes constitueront un potentiel de biomarqueurs utiles pour le diagnostic des maladies. Les résultats de ces classifieurs sont intéressants avec des F-mesure avoisinant 0,91.},
keywords = {These},
pubstate = {published},
tppubtype = {mastersthesis}
}
Les maladies métaboliques chez les bovins laitiers sont une préoccupation majeure pour les producteurs laitiers, car elles affectent la production, la reproduction, le bien-être et la longévité des animaux. Les approches de classification informatique actuelles des maladies métaboliques manquent de précision et de simplicité pour permettre une classification effective en milieu de ferme. Cela est dû principalement à la variabilité naturelle des profils métaboliques entre les vaches et à la distribution non équilibrée des classes (malade, non malade) dans les jeux de données sur les maladies surveillées par l’industrie laitière. Cette disparité entre les classes rend la prédiction des maladies encore plus complexe. Pour permettre aux vétérinaires de mieux suivre les paramètres métaboliques en lien avec les principales maladies suivies en médecine vétérinaire, nous proposons une approche d’extraction des signatures métaboliques qui permettrait de caractériser les maladies, d’identifier une meilleure prédiction des risques associés et d’informer les classifieurs pour le diagnostique des maladies métaboliques. Notre approche est décomposée en trois étapes comme suit : la catégorisation des indicateurs métaboliques clés, l’extraction des signatures métaboliques présentes dans les maladies, la sélection des signatures discriminantes à l’aide de deux mesures statistiques (le test de Fisher et l’intervalle de confiance), et enfin l’entraînement des modèles de classification afin de prédire une maladie métabolique à partir d’un profil métabolique. Cette approche a été appliquée à un jeu de données contenant cinq indicateurs métaboliques pour 623 vaches. Ces indicateurs sont associés aux sept maladies principales à déclaration obligatoire au Québec. Les résultats préliminaires ont permis d’identifier 208 signatures métaboliques et 96 signatures discriminantes. Ces signatures ont ensuite permis de construire un classifieur pour identifier si une vache est diagnostiquée comme malade seulement à partir de son échantillon de données métaboliques. Ces signatures discriminantes constitueront un potentiel de biomarqueurs utiles pour le diagnostic des maladies. Les résultats de ces classifieurs sont intéressants avec des F-mesure avoisinant 0,91.
Muszik, Jasmine
Implementing On-Farm Enrichment: Effects on the Motivation of Lambs and Dairy Cows [External] Thèse de PhD
McGill University, 2025.
Résumé | Liens | BibTeX | Étiquettes: These
@phdthesis{muszik_implementing_2025,
title = {Implementing On-Farm Enrichment: Effects on the Motivation of Lambs and Dairy Cows},
author = {Jasmine Muszik},
url = {https://escholarship.mcgill.ca/concern/theses/6t053p36k},
year = {2025},
date = {2025-01-01},
address = {Montreal, Canada},
school = {McGill University},
abstract = {Les pratiques agricoles ont évolué pour offrir aux animaux plus de contrôle sur leur temps, en mettant l'accent sur leur bien-être. L'enrichissement ciblé, conçu pour répondre à des besoins spécifiques, favorise des émotions positives en permettant aux animaux d'agir selon leurs motivations, satisfaisant ainsi leurs besoins. Un enrichissement efficace doit être activement utilisé par l'animal et doit répondre à une motivation d'interaction ou d'accès, ce qui suggère qu'il est perçu positivement. L'enrichissement multimodal, combinant plusieurs types d'enrichissement (ex. physique, cognitif, sensoriel, social, nutritionnel), pourrait répondre à cette problématique en encourageant une gamme de comportements motivés. Les normes futures concernant les soins des animaux d'élevage pourraient également recommander aux producteurs l'inclusion de ces enrichissements fortement motivés dans leurs pratiques quotidiennes afin d'éviter la provocation d’émotions négatives, comme la frustration, liées à l'anticipation d'un événement ou d'une récompense retardée ou inexistante, comme révélé dans une revue de littérature. Cependant, la mise en œuvre de l'enrichissement multimodal et ses interactions avec la motivation animale nécessite un examen plus approfondi, tant au niveau théorique qu’au niveau pratique. Une étude menée sur des agneaux, exposés ou non à un enrichissement multimodal, a démontré que bien que les deux groupes aient appris à naviguer un labyrinthe et aient démontré la même flexibilité pour obtenir la récompense, les agneaux enrichis étaient plus calmes, tandis que ceux du groupe témoin étaient plus agités, ce qui suggère que l'enrichissement peut avoir un impact sur la réactivité. Cette étude n’a pas directement étudié la motivation des animaux vers l'enrichissement, mais vers une récompense dans un autre contexte, et elle s’est concentrée sur les jeunes. Alors, la prochaine étude a cherché à comprendre comment la fréquence d'accès à l'enrichissement influence la motivation des vaches laitières adultes. Des vaches ayant un accès limité à l’exercice ont été réparties en deux groupes : un avec un accès extérieur trois jours par semaine et l'autre un jour par semaine. Leur comportement et celui des membres du personnel ont été observés pendant ces périodes. Les résultats ont démontré que les vaches des deux groupes étaient plus motivées pour sortir que pour retourner à l'étable, bien que les interventions du personnel et les conditions climatiques aient pu influencer cette motivation. Bien que cette étude ait été bénéfique pour comprendre si les vaches laitières accordent de l’importance à l’accès extérieur, peu importe la fréquence d’accès fournie, l'étape suivante consistait à tester la provision d’accès extérieur dans un cadre réaliste pour déterminer comment la taille des groupes et les interventions du personnel influencent la capacité des producteurs à faire la transition vers la provision d’exercice extérieur quotidien pour leur troupeau. 76 vaches en lactation ont été réparties en sept groupes, avec un nouveau groupe étant ajouté à chaque semaine, jusqu'à ce que tous les groupes aient accès à un des deux enclos d'exercice. Il a été constaté qu'augmenter le nombre de vaches n’entraînait pas de besoin supplémentaire en personnel ni de plus de temps par sortie. De plus, le nombre d'interventions du personnel est resté stable (interventions go) ou a diminué (interventions stop) après une semaine. De plus, le comportement des vaches n’a pas différé de manière significative entre les enclos, même après l'introduction d'un nouveau groupe. Cela suggère que les vaches et le personnel s'adaptent rapidement à l'accès extérieur, et que les producteurs peuvent commencer à introduire progressivement des sorties extérieures quotidiennes pour leur troupeau. Toutes les études décrites ont été essentielles pour comprendre comment l'enrichissement multimodal influence la motivation des animaux, tant en matière d'enrichissement que dans d'autres contextes, et comment ces pratiques peuvent être utilisées de manière pratique par les producteurs dans les systèmes de production modernes},
keywords = {These},
pubstate = {published},
tppubtype = {phdthesis}
}
Les pratiques agricoles ont évolué pour offrir aux animaux plus de contrôle sur leur temps, en mettant l'accent sur leur bien-être. L'enrichissement ciblé, conçu pour répondre à des besoins spécifiques, favorise des émotions positives en permettant aux animaux d'agir selon leurs motivations, satisfaisant ainsi leurs besoins. Un enrichissement efficace doit être activement utilisé par l'animal et doit répondre à une motivation d'interaction ou d'accès, ce qui suggère qu'il est perçu positivement. L'enrichissement multimodal, combinant plusieurs types d'enrichissement (ex. physique, cognitif, sensoriel, social, nutritionnel), pourrait répondre à cette problématique en encourageant une gamme de comportements motivés. Les normes futures concernant les soins des animaux d'élevage pourraient également recommander aux producteurs l'inclusion de ces enrichissements fortement motivés dans leurs pratiques quotidiennes afin d'éviter la provocation d’émotions négatives, comme la frustration, liées à l'anticipation d'un événement ou d'une récompense retardée ou inexistante, comme révélé dans une revue de littérature. Cependant, la mise en œuvre de l'enrichissement multimodal et ses interactions avec la motivation animale nécessite un examen plus approfondi, tant au niveau théorique qu’au niveau pratique. Une étude menée sur des agneaux, exposés ou non à un enrichissement multimodal, a démontré que bien que les deux groupes aient appris à naviguer un labyrinthe et aient démontré la même flexibilité pour obtenir la récompense, les agneaux enrichis étaient plus calmes, tandis que ceux du groupe témoin étaient plus agités, ce qui suggère que l'enrichissement peut avoir un impact sur la réactivité. Cette étude n’a pas directement étudié la motivation des animaux vers l'enrichissement, mais vers une récompense dans un autre contexte, et elle s’est concentrée sur les jeunes. Alors, la prochaine étude a cherché à comprendre comment la fréquence d'accès à l'enrichissement influence la motivation des vaches laitières adultes. Des vaches ayant un accès limité à l’exercice ont été réparties en deux groupes : un avec un accès extérieur trois jours par semaine et l'autre un jour par semaine. Leur comportement et celui des membres du personnel ont été observés pendant ces périodes. Les résultats ont démontré que les vaches des deux groupes étaient plus motivées pour sortir que pour retourner à l'étable, bien que les interventions du personnel et les conditions climatiques aient pu influencer cette motivation. Bien que cette étude ait été bénéfique pour comprendre si les vaches laitières accordent de l’importance à l’accès extérieur, peu importe la fréquence d’accès fournie, l'étape suivante consistait à tester la provision d’accès extérieur dans un cadre réaliste pour déterminer comment la taille des groupes et les interventions du personnel influencent la capacité des producteurs à faire la transition vers la provision d’exercice extérieur quotidien pour leur troupeau. 76 vaches en lactation ont été réparties en sept groupes, avec un nouveau groupe étant ajouté à chaque semaine, jusqu'à ce que tous les groupes aient accès à un des deux enclos d'exercice. Il a été constaté qu'augmenter le nombre de vaches n’entraînait pas de besoin supplémentaire en personnel ni de plus de temps par sortie. De plus, le nombre d'interventions du personnel est resté stable (interventions go) ou a diminué (interventions stop) après une semaine. De plus, le comportement des vaches n’a pas différé de manière significative entre les enclos, même après l'introduction d'un nouveau groupe. Cela suggère que les vaches et le personnel s'adaptent rapidement à l'accès extérieur, et que les producteurs peuvent commencer à introduire progressivement des sorties extérieures quotidiennes pour leur troupeau. Toutes les études décrites ont été essentielles pour comprendre comment l'enrichissement multimodal influence la motivation des animaux, tant en matière d'enrichissement que dans d'autres contextes, et comment ces pratiques peuvent être utilisées de manière pratique par les producteurs dans les systèmes de production modernes
Xu, Xu
You've got a friend in me: Exploration of personality concepts and validation of common personality tests in dairy cattle [External] Mémoire de maîtrise
McGill University, Montreal, Canada, 2025.
Résumé | Liens | BibTeX | Étiquettes: These
@mastersthesis{xu_youve_2025,
title = {You've got a friend in me: Exploration of personality concepts and validation of common personality tests in dairy cattle},
author = {Xu Xu},
url = {https://escholarship.mcgill.ca/concern/theses/zk51vp695?locale=en},
year = {2025},
date = {2025-01-01},
address = {Montreal, Canada},
school = {McGill University},
abstract = {Les vaches laitières jouent un rôle crucial dans l’agriculture canadienne, avec des troupeaux de grande taille permettant une production laitière importante et nécessitant des stratégies de gestion efficaces. Les systèmes de production intensive optimisent la productivité mais peuvent limiter les comportements naturels, soulevant des préoccupations en matière de bien-être animal. L’enrichissement social, particulièrement pertinent pour ces animaux grégaires, a été proposé comme moyen d’améliorer le bien-être en favorisant des comportements affiliatifs et réduisant le stress. Cependant, l’efficacité de l’enrichissement varie selon les individus, car les vaches présentent des comportements stables dans le temps et à travers les contextes, connus sous le nom de personnalité, ce qui influence leurs réponses à l’enrichissement. Malgré un intérêt croissant pour la personnalité animale, les recherches sur les bovins laitiers restent limitées et la relation entre la personnalité et l’enrichissement est encore largement inexplorée. Cette revue de la littérature (scoping review) synthétise les connaissances actuelles sur la personnalité des bovins laitiers et son influence sur les réponses à l’enrichissement social. Trente-quatre articles ont été inclus suivant les lignes directrices PRISMA. Un trait de personnalité désigne une tendance constante déduite de comportements observables, tandis qu’une dimension regroupe plusieurs traits de personnalité. Les résultats préliminaires indiquent que les articles examinés échouent à établir un cadre clair entre les comportements et les traits de personnalité et ne tiennent pas compte de l’interdépendance et de la variabilité contextuelle des traits. Des cadres ont été développés pour explorer les liens potentiels entre personnalité et comportement. Toutefois, le nombre limité d’études à long terme et l’absence d’évaluation de la constance à court terme suggèrent que ces résultats peuvent ne pas être totalement valides pour identifier la personnalité. Les schémas comportementaux n’ont pas été mesurés de façon répétée ou dans des contextes variés, deux éléments essentiels pour établir des traits stables. Pour combler cette lacune, une étude expérimentale a été réalisée afin d’évaluer la validité et la fiabilité des tests comportementaux utilisés pour mesurer la personnalité des animaux. Cinq tests ont été sélectionnés : le test d’approche d’un humain, le test de la soudaineté, le test du nouvel objet, le test de l’aire ouverte, et le test d’une nouvelle surface. Leur constance à court, moyen et long terme a été évaluée sur trois périodes, avec des comparaisons visant à identifier les comportements constants à travers les contextes. Les résultats suggèrent que le test de la soudaineté est un outil fiable pour mesurer les traits de personnalité, car il montre des comportements constants à travers les périodes. Des corrélations fortes entre les tests d’approche d’un humain et de la soudaineté indiquent qu’ils pourraient évaluer un trait sous-jacent commun. En revanche, les incohérences observées entre les autres tests semblent liées au caractère contextuel des comportements mesurés. Cela suggère que ces tests pourraient capturer uniquement des réponses situationnelles ou transitoires, limitant leur fiabilité pour évaluer la personnalité de manière durable. Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour améliorer la validité des mesures de la personnalité, en utilisant des méthodes statistiques alternatives, une taille d’échantillon plus grande et des environnements plus constants. En identifiant les tests les plus efficaces pour capturer des traits stables, ces études contribuent au développement du domaine de la personnalité animale en posant les bases d’une évaluation standardisée de la personnalité chez les bovins laitiers},
keywords = {These},
pubstate = {published},
tppubtype = {mastersthesis}
}
Les vaches laitières jouent un rôle crucial dans l’agriculture canadienne, avec des troupeaux de grande taille permettant une production laitière importante et nécessitant des stratégies de gestion efficaces. Les systèmes de production intensive optimisent la productivité mais peuvent limiter les comportements naturels, soulevant des préoccupations en matière de bien-être animal. L’enrichissement social, particulièrement pertinent pour ces animaux grégaires, a été proposé comme moyen d’améliorer le bien-être en favorisant des comportements affiliatifs et réduisant le stress. Cependant, l’efficacité de l’enrichissement varie selon les individus, car les vaches présentent des comportements stables dans le temps et à travers les contextes, connus sous le nom de personnalité, ce qui influence leurs réponses à l’enrichissement. Malgré un intérêt croissant pour la personnalité animale, les recherches sur les bovins laitiers restent limitées et la relation entre la personnalité et l’enrichissement est encore largement inexplorée. Cette revue de la littérature (scoping review) synthétise les connaissances actuelles sur la personnalité des bovins laitiers et son influence sur les réponses à l’enrichissement social. Trente-quatre articles ont été inclus suivant les lignes directrices PRISMA. Un trait de personnalité désigne une tendance constante déduite de comportements observables, tandis qu’une dimension regroupe plusieurs traits de personnalité. Les résultats préliminaires indiquent que les articles examinés échouent à établir un cadre clair entre les comportements et les traits de personnalité et ne tiennent pas compte de l’interdépendance et de la variabilité contextuelle des traits. Des cadres ont été développés pour explorer les liens potentiels entre personnalité et comportement. Toutefois, le nombre limité d’études à long terme et l’absence d’évaluation de la constance à court terme suggèrent que ces résultats peuvent ne pas être totalement valides pour identifier la personnalité. Les schémas comportementaux n’ont pas été mesurés de façon répétée ou dans des contextes variés, deux éléments essentiels pour établir des traits stables. Pour combler cette lacune, une étude expérimentale a été réalisée afin d’évaluer la validité et la fiabilité des tests comportementaux utilisés pour mesurer la personnalité des animaux. Cinq tests ont été sélectionnés : le test d’approche d’un humain, le test de la soudaineté, le test du nouvel objet, le test de l’aire ouverte, et le test d’une nouvelle surface. Leur constance à court, moyen et long terme a été évaluée sur trois périodes, avec des comparaisons visant à identifier les comportements constants à travers les contextes. Les résultats suggèrent que le test de la soudaineté est un outil fiable pour mesurer les traits de personnalité, car il montre des comportements constants à travers les périodes. Des corrélations fortes entre les tests d’approche d’un humain et de la soudaineté indiquent qu’ils pourraient évaluer un trait sous-jacent commun. En revanche, les incohérences observées entre les autres tests semblent liées au caractère contextuel des comportements mesurés. Cela suggère que ces tests pourraient capturer uniquement des réponses situationnelles ou transitoires, limitant leur fiabilité pour évaluer la personnalité de manière durable. Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour améliorer la validité des mesures de la personnalité, en utilisant des méthodes statistiques alternatives, une taille d’échantillon plus grande et des environnements plus constants. En identifiant les tests les plus efficaces pour capturer des traits stables, ces études contribuent au développement du domaine de la personnalité animale en posant les bases d’une évaluation standardisée de la personnalité chez les bovins laitiers